Rapport de la conférence du 19 février 2019 - cours BIF7002-Hiver 2019
DTASelect est un programme qui permet l’assemblage des peptides identifiés par SEQUEST ou ProLuCID. Le but est de construire la séquence protéique finale. La nécessité de mettre en place ce genre de programme est venue de l’augmentation considérable des données générées par la MS et les données MS de haute résolution (Tabb, McDonald et al. 2002). DTASelect fonctionne en trois étapes.
Étape 1 : Récapitulation
Elle consiste à rassembler les informations les plus importantes des peptides identifiés par SEQUEST. Une corrélation croisée et une normalisation des données est faite par la suite. Les peptides identifiés sont par la suite classés par locus, et les loci classés par séquences. La base de données utilisée par SEQUEST est utilisée par la suite par DTASelect pour identifier la séquence protéique.
Étape 2 : Évaluation
Au cours de cette étape, l’utilisateur peut appliquer ses propres filtres pour les matchs. Une protéine est identifiée quand tous les critères des filtres sont atteints. DTASelect permet de trier parmi les différents matchs d’une même séquence peptides en se basant sur le score et l’intensité du signal.
Étape 3 : Rapport
Le rapport est produit sous forme de fichiers et d’interface graphique. Ces fichiers contiennent la liste des protéines et le spectre de chacune ainsi qu’un lien pour la couverture de séquence de chaque protéine. D’autres fichiers sont aussi générés par DTASelect. Ils contiennent des informations sur la similarité entre protéines. Cette similarité est évaluée par le nombre de peptides partagés entre deux protéines moins le nombre de non-matching peptides.
L’avantage de DTASelect est qu’il assemble d’une façon rapide, efficace et uniforme comparés à d’autres outils en se focalisant sur les peptides d’intérêt. La précision fournie par cet outil permet la comparaison de peptides issus d’expériences plus complexes en mettant à la disposition de l’utilisateur plusieurs critères de tri de protéines dans les échantillons étudiés. Il permet également de compléter le tri fait par d’autres logiciels comme SEQUEST.